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税務調査はほとんどの場合、3～5年、5～10年に一度、税務調査が入るとされていますが、『何年に一度、税務調査が入る』と決められているものではなく、調査対象企業や個人事業の中には、10年以上も税務調査がないケースもあるようです。

また、それらと違って毎年のように税務調査が入る会社や個人事業もあり、地域の税務署によって、調査を行う時期を決めているようですので、一概に何年と行かないのが税務調査だと言われています。

企業の決算が赤字であれば、税務署の税務調査が入らないと考えている人がいますが、消費税や源泉所得税など企業の業績が赤字でも発生する税金があるので、赤字企業や赤字の個人事業でも税務調査が実施されることがあります。

このようなケースは、税務調査が入る割合が高くなります。

1. 急成長していて、売上が増加している会社
2. 現金売上の割合が多い会社は、脱税を疑われて税務調査が実施
3. 決算書について、業界平均等と違った異常な数値がある会社
4. 業界平均と比較して、営業の所得が極端に低い会社
5. 社長個人で大きな資金を動かし、多額の投資を行った企業
6. 社員や取引業者とトラブルがあり、話題になった企業
7. 社長と関連会社の取引が頻繁になり、金額が多くなっている企業
8. 実際に税務調査を実施する税務署は、調査に入るからには出来るだけ多くの追徴税額をとれるように配慮して調査し、また、税務調査にも社員やスタッフによる内部告発や取引業者などの第三者通報という制度があるので、取引先や社員ともめ事が発生してトラブルがあった企業も調査に入られやすくなります。

また、新しく会社を設立して、会社をスタートしたときというのは、税務調査が通常3期目の決算を完了するまでなく、それは、税務調査の効率性を考慮して、税務調査では過去3期分調査するというのが通常となっているので、 4期目以後に実施されるのが一般的な税務調査です。